Nach dem im Jahre 2004 in Kraft getretenen Wasserentnahmeentgeltgesetz des Landes Nordrhein-Westfalen ist die Förderung von Grundwasser grundsätzlich entgeltpflichtig. Der Kölner Zoo gewinnt Grundwasser aus vier Rohrfilterbrunnen. Das Wasser wird für die im Zoo angelegten Wasserbecken und Teiche, zum Tränken der Zootiere, für die Wasserbecken im Aquarium, für die Beete und Rasenflächen und für die tropischen Pflanzen im Regenwaldhaus genutzt. Im Oktober 2005 hatte das damals noch zuständige (inzwischen aufgelöste) Landesumweltamt den Kölner Zoo zu einem Wasserentnahmeentgelt für das Jahr 2004 in Höhe von ca. 37.000 Euro für etwa 900.000 Kubikmeter Wasser herangezogen. Der Zoo berief sich auf eine Ausnahme von der Entgeltpflicht, wie sie zum Beispiel für landwirtschaftliche Betriebe vorgesehen ist. Vor dem Verwaltungsgericht blieb die Klage aber ohne Erfolg: Für zoologische Gärten sehe das Gesetz eine Ausnahme von der Entgeltpflicht gerade nicht vor, entschieden die Richter. Auch gemeinnützige Einrichtungen seien nach dem Gesetz verpflichtet, für das entnommene Grundwasser an das Land zu zahlen.