Gegenstand der Klagen waren jeweils umfangreiche Einwendungen gegen die Erhebung der Luftsicherheitsgebühr überhaupt sowie gegen ihre Höhe. Das Luftamt Südbayern hatte für den Landesanteil ursprünglich 8 DM pro Fluggast festgesetzt. Die Gebührenbescheide betrafen jeweils Festsetzungen für die Monate Dezember 2000 (DBA), März 2001 (KLM) und April 2001 (SWISS). Das Verwaltungsgericht hatte nur einen Betrag von 6,83 DM pro Fluggast für rechtmäßig gehalten. Die Luftfahrtgesellschaften hatten u.a. vorgetragen, die gesetzlichen Grundlagen der Gebührenerhebung seien nicht ausreichend. Der Freistaat Bayern habe die Gebühr nicht richtig im Voraus kalkuliert. Die zugrunde liegenden Personal- und Sachkosten seien nicht ordentlich ermittelt worden. Es hätte keine Umsatzsteuer ausgewiesen werden dürfen. Der Gebührenerhebung stünden Vorschriften des Wettbewerbsrechts entgegen.

Der Bayerische Verwaltungsgerichtshof hat den vom Verwaltungsgericht München für rechtmäßig erachteten Gebührensatz von 6,83 DM pro Fluggast im Ergebnis für richtig gehalten, inhaltlich aber einige andere Festlegungen getroffen. Vor allem die hohen Kosten für die sog. Röntgendiffraktionsgeräte dürften in die Kalkulation einbezogen werden, auch wenn sie nicht bei jedem zu überprüfenden Flug eingesetzt würden. Im Laufe des Berufungsverfahrens mussten die Behörden nochmals ihre gesamte Kalkulation offenlegen. Insoweit gestaltete sich das Verfahren und die Entscheidung des Gerichts sehr komplex, weil über eine Vielzahl von in die Kalkulation eingestellten Rechnungsposten zu befinden war. Für den Differenzbetrag von 1,17 DM pro Fluggast hat der Verwaltungsgerichtshof den Freistaat Bayern zu Rückzahlungen verpflichtet.